우선 초중등교육을 위한 재원을 조달하고 집행하는데 있어서 현행 중앙정부와 지방정부 간 역할분담구조는 비효율적 재정운용을 초래하고 있다. 지방정부가 중앙정부의 이전재원에 크게 의존해서 공공재를 공급할수록 재정책임성이 떨어지고 재정운용에서 비효율이 증대됨은 이론적으로나 경험적으로나 입증된 사실이다. 다시 말해, 시도교육청이 집행하는 초중등교육재원의 대부분을 중앙정부가 마련해주고 있기 때문에 지역주민들에 대한 교육청의 재정책임성과 반응성이 낮을 개연성이 크고 이는 다시 방만한 재정운용으로 이어지기 쉬운 구조인 것이다. 설상가상으로 부가세인 지방교육세의 세원구성이 복잡하고 불투명하여 지역주민들의 자율적 참여와 감시를 유도하지 못하고 있는 실정이다. 또한 지방교육세의 형평성이 매우 낮은 것도 문제이다. 지방교육재정에서 지방정부가 조달하는 재원의 대부분은 담배소비세, 취등록세, 그리고 자동차세를 통해 충당되고 있으나 이들 세목은 응능원칙 혹은 응익원칙에 따른 형평성 측면에서 부정적으로 평가되고 있다. 예를 들어, 담배소비세는 소득수준이 낮은 수록 부담이 커지는 대표적인 역진적 세목이며 초중등교육의 대상과 흡연자 간의 상관관계는 기대하기 어렵기 때문에 여러모로 공평하지 못한 세목인 것이다.
교육재정에 관한 중장기 조세개혁은 단순히 조세체계의 간소화를 추구하는 것을 넘어서 위와 같은 근원적인 문제점을 해결하여 공교육의 재정책임성을 높이는 방향으로 추진돼야 한다. 첫째, 중앙정부의 교육부와 시도 교육청 간에 교육재정 집행기능을 재조정해 프랑스와 같이 중앙정부가 교육재정의 조달과 집행에서 주된 역할을 하고 지방정부는 자체재원으로 이를 보조하는 자립보완형으로 가든지 아니면 중앙정부의 세원이양을 통해 교육재원에서 지방정부가 부담하는 자체재원의 비중을 높여 핀란드와 같이 형평성과 효율성을 조화시켜 나가야 한다. 둘째, 현행 지방교육세는 본세로 모두 통합하고 시도세전입금도 폐지하면서, 그 만큼을 조달할 수 있도록 두세 개의 재산긿소득과세에 부가되는 목적세인 교육자치세(가칭)를 신설해야 한다. 공공서비스의 편익과 비용을 연결해주는 목적세를 통해 재원을 조달하면 조세의 투명성과 수용성이 높아지고 조세의 가격기능이 작동하여 지역주민들의 자발적인 감시가 용이해진다. 이 때, 확대 개편된 지방교육세인 교육자치세의 세원은 조세부담의 형평성을 높여주는 재산과세와 소득과세를 중심으로 광역과 기초자치단체 간 세원배분상황을 고려해 재편해야 한다. 끝으로, 지방정부가 변화하는 교육수요에 따라 교육자치세율을 조정할 수 있는 상황에서 중장기적으로 중앙정부의 이전재원인 지방교육재정교부금의 배분을 지방정부의 교육투자 자구노력과 연계해야 할 것이다.
과세 자주권의 신장과 일반 지방재정과 지방교육 재정의 협력이나 통합을 통해 확보된 교육재정 분권이 점증하는 교육재원의 확보로 이어지기 위해서는 지방정부가 지방교육재정교부금의 증감에 어떻게 대응하는가를 염두에 두고 배분방식을 정교하게 설계해야 한다는 의미이다.