농기자재 부가세 영세율 적용 등 농업분야 국세 특례 14건 연장

농지 출자 양도세 이월과세 도입···농가·농업법인 세 부담 완화
조합 예탁금·배당 비과세는 소득 기준 신설, 일부 고소득자 제외

농기자재 부가가치세 영세율 적용 등 농업 분야 국세 특례 14건의 일몰 기한이 연장되고 일부 제도가 개선된다. 농업인의 세 부담을 완화하고 공동영농과 농업법인 운영을 활성화하기 위한 조치다.

농림축산식품부는 농업 분야 조세특례제한법 개정안이 국회와 국무회의를 거쳐 2026년 1월 1일부터 시행된다고 밝혔다. 이번 개정으로 농업용·축산업용·어업용 기자재에 대한 부가가치세 영세율 적용과 영농자녀 대상 농지 증여세 면제 등 14개 특례의 적용 기한이 2028년 12월 31일까지 3년 연장된다.

특히 농업인이 농지를 농업법인에 출자할 경우 적용되던 양도소득세 한도 규제가 개선된다. 기존에는 연 1억원, 5년 내 2억원 한도를 초과하면 세금을 납부해야 했지만, 개정 후에는 한도 제한 없이 양도소득세가 이월과세로 전환된다. 이에 따라 농업인은 출자 시 세금을 내지 않고, 추후 법인이 해당 농지를 양도할 때 법인세로 납부하게 된다. 대규모 농지 출자를 통한 공동영농 활성화에 걸림돌로 작용하던 제약이 완화될 전망이다.

농협과 산림조합 조합원에 대한 예탁금·출자금 비과세 특례도 3년 연장된다. 다만 소득 기준이 새로 도입돼 총급여 7천만원(종합소득금액 6천만원) 이하 조합원과 준조합원만 비과세 혜택을 받을 수 있다. 이 기준을 초과하는 준조합원은 적용 대상에서 제외된다.

지역농협과 조합공동사업법인의 당기순이익에 대한 법인세 저율과세 특례(9~12%)도 3년 연장되지만, 당기순이익 20억원 초과분에 대해서는 세율이 15%로 인상된다.

농식품부는 이번 세제 특례 연장과 제도 개선을 통해 농가 경영 안정을 지원하고 농업법인과 관련 산업의 지속 가능한 성장을 뒷받침할 수 있을 것으로 기대하고 있다. 

/김진홍기자 [e-mail]