미생물의 일부 종류는 인간을 비롯한 동물과 식물에 각종 질병을 유발하고, 음식물을 상하게 하는 등 해로운 역할을 하지만 해로운 종류는 1% 미만이다. 99% 이상의 미생물은 자연생태계에서 분해, 생성, 물질순환 등 다양한 기능을 수행하며, 유익한 역할을 하고 있다. 미생물은 동물과 식물의 내부에도 헤아릴 수 없이 많은 수로 존재하면서 생명유지에 필요한 대사작용에 중추적인 역할을 담당하고 있다. 미생물은 또한 인간의 의식주 생활에 사용되는 제품 생산의 주역으로서 발효식품 생산, 의약소재 개발, 물질 및 에너지 생산 등의 산업공정에도 매우 유용하게 이용되고 있다.
미생물을 기능적 특성에 의해 구분하면 병원미생물, 환경미생물, 산업미생물, 식품미생물, 농업미생물 등으로 나누어지며, 각 기능적 분류군별 주요 특성 및 관련 산업분야에 대해서 살펴보면 다음과 같다.
병원미생물은 동물과 식물에 질병을 일으키는 해로운 존재로서 인류의 역사와 함께 퇴치돼야 할 대상으로 연구돼 왔으며, 병원미생물로 인한 질병을 예방하고 치료하기 위한 제약 산업이 발달하고 있다.
식품미생물은 빵, 음료, 주류, 장류, 젓갈류 등의 발효를 통한 식품 생산에 주역을 담당하고 있으며, 인류의 식생활에 필수적인 존재로서 발효식품 산업에 핵심적인 역할을 하고 있다.
환경미생물은 자연생태계에서 분해, 생성 및 변환의 기능을 수행하여 환경복원 및 환경정화 처리에 이용되고 있으며, 환경산업 공정에 중요한 역할을 하고 있다.
산업미생물은 대사작용을 통해 새로운 물질을 생성함으로서 발효공정, 생물변환, 바이오에너지 생산 등에 관여하고 있으며, 각종 산업제품 생산에 크게 이용되고 있다.
농업미생물은 퇴비의 부숙, 발효, 작물의 생육 및 면역 증진, 길항 및 항생, 토양 내 양분가용화 등의 역할을 수행함으로써 친환경 농산물 생산 및 농업환경 개선에 이용되고 있다. 또한 가축의 음용과 사료 발효를 통한 소화율 개선, 면역 증진, 악취 제거 등의 기능을 가지고 있어 고품질 축산물 생산에도 널리 이용되고 있다.
미생물산업의 시장 규모는 전 세계적으로 400억 달러 이상이고, 국내에서는 4조5천억 여원으로 추정된다. 이러한 규모의 미생물산업 시장은 지속적으로 증가할 전망이다. 우리나라의 미생물산업을 발전시키기 위해서는 국내의 다양한 생태계에 존재하는 미생물자원을 많이 수집하여 장기적으로 안전하게 보존하면서 특성 및 기능을 밝히고, 산업적 이용을 위한 연구 개발을 지속적으로 수행해야만 한다. 지속적인 미생물 자원의 확보와 연구 개발을 통한 미생물산업의 발전은 궁극적으로 국가 성장의 원동력이 될 것이다.