황명환 씨는 지난 1983년 9월16일 경상북도 구미시 소재 대지 582㎡를 취득한 후 2008년 11월28일 양도하면서 양도가액을 1억8천341만9천500원으로 해 2009년 2월1일 양도소득세 예정 신고를 했다. 관할세무서는 2012년 5월7일 위 토지를 비사업용 토지로 보아 장기보유특별공제 배제 및 60%의 세율을 적용해 양도소득세 9천816만4천780원을 부과처분했다.
이에 황 씨는 부모님으로부터 1969년 1월5일 상속받은 위 토지는 선대로부터 내려온 것으로 미등기상태로 있던 토지를 1983년 부동산 등기에 관한 특별조치법이 발효되어 미등기 된 토지를 일괄해 등기가 가능하다고 해 상속을 원인으로 최초로 소유권 보존등기를 했던 것이다.
또한 이 토지는 2006년 12월31일 이전에 20년이상 소유한 농지를 2009년 12월31일까지 양도 한 경우에 해당되고, 취득 후 매도까지의 기간 중 80%이상이 개발제한구역으로 지정되어 있어 사실상 건축이 불가능해 비사업용 토지로 보지 않는 것이 합당하다고 주장하며 이의신청을 했으나 기각되자 심사청구를 제기했다.
국세청은 △황 씨가 위 토지를 부동산 소유권 이전등기에 관한 특별조치법에 의해 1983년 9월16일로 소유권 보존등기를 한 점 △소유권 보존등기를 하기 이전부터 황 씨가 위 토지를 소유하고 있었다는 사실에는 다툼이 없는 점 △위 토지가 1972년 8월25일 건교부고시 제447호에 의해 개발제한구역(자연녹지지역)으로 지정된 후 2006년 6월12일 경상북도 고시에 의해 개발제한구역(자연녹지지역)에서 해제된 점 △일정요건을 갖추면 쟁점토지에 농가주택 등을 신축할 수 있어 사용이 제한됐다고 볼 수 없다는 관할세무서의 의견은 위 토지 양도 이후 시점인 2012년 5월8일 시청의 회신내용을 근거로 하고 있는 점 △토지의 취득 후 개발제한구역의 지정 및 관리에 관한 특별조치법 제11조 및 국토의 계획 및 이용에 관한 법률 제63조의 규정에 따른 개발행위의 제한으로 사실상 토지의 사용이 제한된 경우에는 그 사용이 제한된 기간 동안은 비사업용 토지로 보지 아니하는 점 등을 종합해 보면, 위 토지를 비사업용 토지로 보고 과세한 처분은 부당하다는 이유로 당초처분을 모두 취소했다.(심사양도2012-0286·2013년 3월15일)