A은행은 지난 2006사업연도에 발생한 휴면예금 88억원을 익금산입해 법인세를 신고ㆍ납부했다가 2008년 2월29일 단순히 상법 상 소멸시효가 완성됐다는 이유만으로 휴면예금을 익금산입하는 것은 부당하다는 이유로 기 신고한 2006사업연도 발생 휴면예금 88억원을 익금불산입해 22억원을 환급해 달라는 취지의 경정청구를 했으나, 경정청구를 인용받지 못했다. 이에 대해 A은행은 조세심판원에 심판청구를 했는데 조세심판원은 당좌예금 등의 반환채권은 당좌거래계약이 해지 등으로 종료하는 때부터 소멸시효의 진행이 개시된다는 이유로 위 휴면예금 88억원 중 8억원을 익금불산입해 과세표준 및 세액을 경정하는 내용의 심판결정을 했고, 이에 관할세무서는 위 심판결정에 따라 법인세 2억원을 환급했다.
A은행은 고객이 예치한 예금에 대해 최종거래일로부터 5년이 지나기 전에 이자가 발생하면 그 예금계좌에 이자를 지급했고, 언론 및 영업장을 통해 최종거래일로부터 5년이 지난다고 하더라도 예금채무가 소멸하는 것은 아니라고 홍보하는 방법 등으로 예금 채무를 승인했으므로 그 예금 채무에 대한 소멸시효는 중단됐다 할 것이므로 소멸시효가 완성되지 않았다고 주장하며 행정소송을 제기했다.
서울행정법원은 ①A은행이 이자를 계속 지급처리하면서 예금주의 청구가 있으면 언제든지 시효완성예금을 지급하고 인터넷뱅킹 등을 통해 예금주로 하여금 그 권리를 확인할 수 있는 상태에 두고 있는 점 ②A은행은 5년이 경과해 예금채권의 소멸시효가 완성됐다고 하더라도 예금채무가 소멸하는 것은 아니라는 내용을 언론이나 영업장 등을 통해 홍보하는 한편, 휴면예금 찾아주기 운동을 실시하고 있고 감독기관인 금융감독원은 휴면예금에 대해 소멸시효 완성을 이유로 이를 잡익에 편입하는 것을 지양하고 예금주에게 돌려줄 것을 요구하고 있으며 실제로도 휴면예금에 대해 예금주의 청구가 있으면 언제든지 이를 지급하고 있어 예금주로서도 자신의 예금을 지급받을 수 있다는 신뢰를 어느 정도 가진 것으로 보이는 점 ③휴면예금이 지난 2007년 8월3일 이후 관련 법률에 따라 활동계좌 및 휴면예금관리 재단에 이체 또는 출연된 점 등을 종합해 보면 설령 이 사건 휴면예금의 소멸시효가 완성된 것으로 본다고 하더라도 실질적으로 예금채무를 계속 부담하고 있는 이상 소멸시효가 완성된 때에 이를 수익으로 인식할 만큼 그 실현가능성이 상당히 높은 정도로 성숙·확정됐다고 볼 수 없다는 이유로 관할세무서의 경정청구거부 처분은 위법하다고 판단했다.(서울행정법원 2009구합26777·2010년 9월8일)
관할세무서는 서울고등법원, 대법원에 각각 항고했으나 모두 패소했다.(서울고등법원 2010누31906·2011년 4월12일, 대법원 2011두9157·2012년 11월29일)