이현우 씨는 지난 1988년 6월13일 인천광역시 남동구 만수동 소재 답 2천158㎡를 취득하고, 2006년 4월18일 차병철 씨에게 양도한 후, 기준싯가에 의해 양도차익을 산정해 양도소득세를 신고·납부했다.
관할세무서는 위 토지를 비사업용토지로 보고 실지거래가액으로 양도차익을 산정해 2009년 1월2일 이 씨에게 2006년 귀속양도소득세 2억4천947만8천510원을 추가로 부과하는 경정처분을 해 이를 고지했다.
이 씨는, 위 토지를 18년 간 재촌·자경하다가 양도하고 이농했으므로, 농지법 제6조제2항제4호에 따라 이농 당시 소유하고 있던 농지에 해당하고, 2009년 12월31일이전인 2006년 4월18일 양도했으므로 소득세 법 시행규칙 제83조의5 제3항제2호에 따라 비사업용 토지로 보아서는 안된다고 주장하며 심판청구를 했으나 기각되자 행정소송을 제기했다.
서울고등법원은 ①이 씨가 위 토지를 취득한 후 8년이상 농업경영을 하다가 양도한 사실을 인정할 수 있는 점 ②`이농(離農)`의 사전적 의미는 `농민이 농사일을 그만두고 농촌을 떠남. 또는 그런 현상`을 말하는 것인데, 세법에서 말하는 `이농`의 의미는 `당해 농지소재지에서 다른 지역으로 거주지를 이전하는 경우`에 한해 적용되는 것이 아니라 농지소재지에서 농업경영을 하지 아니하고 계속 거주하는 경우도 포함되는 것으로 봄이 상당하므로, 비록 이 씨가 위 토지를 양도한 후 거주지를 이전하지 아니했더라도 더 이상 농업경영을 하지 않았으므로 이농한 경우에 해당한다 할 것인 점 ③이 씨는 위 토지의 양도와 동시에 이농을 한 것으로서 그 양도 및 이농의 시기가 2006년 4월18일이므로 소득세법 시행규칙 제83조의5 제3항제2호 소정의 `2006년 12월31일이전에 이농한 자가 농지법 제6조제2항제4호에 따라 이농 당시 소유하고 있는 농지로서 2009년 12월31일까지 양도하는 토지의 요건이 모두 충족된다 할 것이므로, 결국 위 토지는 비사업용 토지로 보지 않아야 할 것이다는 이유로 당초처분을 모두 취소하는 결정을 했다. (서울고등법원2010누33667·2011년 7월26일) 관할세무서는 대법원에 상고했으나 기각되어 판결이 확정됐다.(대법원2011두20529·2013년 2월28일)
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세무사 의견대법원 판례에 따르면 `2006년 12월31일이전에 이농한 자가 농지법에 따라 이농 당시 소유하고 있는 농지로서 2009년 12월31일까지 양도하는 토지`에는 도시지역 안의 농지도 포함해 비사업용토지에 해당하지 않는 것을 말한다.