한라자동차㈜는 자동차부품 등을 공급받아 가스시설을 이용한 열처리 가공 후 납품하는 업체로써, 기계장치를 6억4천800만원에 발주하고 3억원의 세금계산서를 수취해 2012년 제1기 예정신고 시 매입세액으로 신고했다.
관할세무서는 한라자동차㈜에 대한 부가가치세 환급 현지확인 결과, 위 기계가 경주시 소재 백두공업㈜에 설치되어 있음을 확인하고 사실과 다른 세금계산서로 판단해 매입세액 불공제했으나, 한라자동차㈜가 이의신청을 제기해 재조사한 결과, 위 기계장치의 실매입은 확인되나 기계장치에서 생산된 제품의 매출이 한라자동차㈜의 매출을 구성하는지 또는 백두공업㈜의 매출을 구성하는지 명확히 구분되지 않는다는 이유로 위 기계장치의 매입세액을 불공제 했다. 한라자동차㈜는 위 기계장치를 실질적으로 구입해 법인자산으로 계상하고 있으며, 기계장치를 사용해 제품을 생산, 매출이 발생하고 있다고 주장하며 심사청구를 제기했다.
국세청은 ①한라자동차㈜는 위 기계장치를 구입하기 위해 중소기업진흥공단대구지부로부터 6억4천800만원의 `중소기업 신성장기반자금`을 지원받아 구입했으며, 위 기계장치는 한라자동차㈜의 자산으로 등재되어 있고, 지원 금액은 단기차입금 계정의 부채로 등재되어 있으며, 동 차입금에 대한 지급이자를 한라자동차㈜가 지급하고 있는 등 위 기계장치가 청구법인의 제품생산을 위한 자산인 점 ②2012년 6월1일부터 2012년 8월24일까지 수기로 작성한 위 기계장치의 작업일지에는 제품명·규격·재질·경도·가열온도·제품중량·작업수량·검사·판정(합격여부)내용이 기록되어 있는 점 ③한라자동차㈜가 이의신청에 대한 재조사 결정으로 현지확인 시 조사담당자가 위 기계장치의 실매입을 인정하면서 위 기계장치에서 생산된 제품이 한라자동차㈜의 소유인지, 백두공업㈜의 소유인지가 불분명하다는 사유로 매입세액을 불공제했으나, 한라자동차㈜는 위 기계장치를 사용해 제품을 생산·판매해 수입금액으로 계상하고 있는 점 등으로 볼 때, 위 기계장치의 소유권은 한라자동차㈜에게 있으며, 위 기계장치를 사용해 제품을 생산·판매해 수입금액이 발생하고 있으므로, 위 기계장치의 매입세액은 부가가치세법 제17조제1항제1호 `자기의 사업을 위해 사용되었거나 사용 될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액`에 해당된다는 이유로 당초처분을 모두 취소하는 결정을 했다.(심사부가2012-0172·2013년 3월5일)