인천광역시에 본점을 두고 있는 하성제화㈜는 2006년 1월26일 개업해 제조·구두 등을 영위하는 법인으로서, 2009년 10월31일 주영피혁으로부터 공급가액 3억5천만원의 세금계산서 1매를 수취한 후, 2009사업연도 법인세 신고 시 손금에 산입했다.
관할세무서는 2010년 8월경 주영피혁을 자료상으로 확정하고, 2010년 9월15일 관할경찰서에 고발했으며, 하성제화㈜의 금융거래 내역이 주영피혁 계좌에 입금된 것이 아니라 박문근씨의 계좌로 입금된 점 등으로 봐 주영피혁과 하성제화㈜의 거래분을 실물거래 없는 가공거래라는 이유로 그 공급대가 2억5천만원을 손금불산입해 2009사업연도 법인세 9천736만8천원을 부과처분했다.
하성제화㈜는 2011년 10월4일 위 세금계산서는 주영피혁에서 여성구두용 원재료인 흑깃도(구두제조용 가죽)를 매입한 실지거래에 따른 것이므로 손금불산입한 처분은 부당하다고 주장하며 조세심판원에 심판청구를 제기했다.
조세심판원은 ①관할세무서에서 작성한 조사 종결보고서에 따르면 주영피혁은 전부자료상이 아닌 점 ②주영피혁은 하성제화㈜와 실물거래가 있었고 주영피혁의 영업책임자로 판매 및 수금권한 일체를 위임 받은 박문근씨로부터 대금을 정상적으로 인수했다고 사실확인을 하고 있고, 박문근씨도 이와 같은 사실을 확인하고 있는 점 ③하성제화㈜는 주영피혁의 영업책임자로 판매 및 수금권한 일체를 위임받았다는 박문근씨의 계좌로 매입대금을 입금한 점 ④박문근씨가 주영피혁에 근무한 사실은 나타나지 않으나 동양제화에서 근무했던 사실이 확인되고 동양제화는 주영피혁과 같은 업종인 도소매/구두, 핸드백 등의 업종을 영위한 것으로 나타나는 점 등을 감안해 볼 때 하성제화㈜가 실물거래 없이 쟁점세금계산서 만을 수취한 것으로 보기는 어렵다는 이유로 당초부과 된 법인세를 모두 취소했다.(조심 2011중3742·2012년 4월13일)
☞ 세무사 의견: 자료상으로부터 세금계산서를 교부받았다고 하더라도 그에 상당하는 실물공급자가 확인되는 경우 손금에 산입해야 한다는 것이 조세심판원의 일관된 견해이다.