대한건설㈜는 1995년 8월24일 개업해 `건설업`을 영위하는 법인으로 지난 2005년 및 2006년 수입 금액에 대해 법인세를 신고·납부했다.
중부지방국세청은 2008년 1월경 대한건설㈜에 대한 2005~2006사업연도 법인세 통합조사를 실시하면서 위 법인이 비치·기장한 장부와 증빙자료가 2007년 여름 폭우로 인한 산사태로 상당부분 유실됐으나, 주요경비의 지출내역이 확인되므로 과세전적부심사를 거친 후, 소득금액을 기준경비율에 의한 추계결정방법으로 결정해 2004~2006사업연도 법인세를 추가로 과세했다.
국세청 감사관실은 중부지방국세청의 감사를 실시하면서 동업자권형에 의한 추계경정의 방법으로 소득금액을 재계산하라는 취지의 감사지적을 했고, 관할세무서는 2010년 8월23일부터 2010년 9월21일까지 법인세 부분조사를 실시해 위 법인에게 2005~2006사업연도 법인세 1억6천238만5천원을 부과처분했다.
대한건설㈜는 기준경비율로 경정한 당초처분을 동업자권형으로 다시 경정하는 것은 신의성실의 원칙에 위배되고, 동업자권형에 의하더라도 매출구조가 상이한 법인과 비교해 결정한 것은 위법·부당하다고 주장하며 심판청구를 제기했다.
조세심판원은 ①비록 과세관청이라 할지라도 법인세의 과세표준과 세액을 일단 결정 또는 경정한 이후에는 그 결정 또는 경정내용에 명백한 오류 또는 탈루 등이 없는 한 임의로 과세표준과 세액을 재경정할 수는 없는 점 ②특정 추계과세방법에 의한 소득금액이 다른 추계과세방법에 의한 소득금액보다 많거나 적다는 이유로 추계과세 방법을 임의로 변경할 수 있는 것은 아닌 점 ③아울러 훈령으로 운용되던 과세전 적부심사제도가 1999년 8월31일 `국세기본법` 개정에 따라 법률의 규정에 의한 제도로 격상되어 과세 전 단계에서 실질적으로 납세자의 권리구제를 구현하도록 한 점 등을 고려하면, 이 건의 당초결정이 명백한 세법적용의 판단착오 등이 있었다고 보기도 어려운 과세 전 적부심사 결정내용 등을 특별한 사유도 없이 배척하고, 추계과세방법을 임의로 변경해 관련 법인세를 재경정한 것은 관련법령의 취지를 잘못 이해한 잘못이 있다는 이유로 당초결정을 모두 취소했다.(조심 2011중889·2011년 12월5일)
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