김주일 씨는 지난 2004년 2월17일부터 서울특별시 관악구에서 간이과세자로 사업자등록을 하고 패션디자인업, 여성용 구두·가방수입판매업 등을 영위하다, 2007년 12월24일 관할세무서에 간이과세 포기신고를 하여 2008년 1월1일부터 일반과세자로 전환됐으며, 2008년 4월23일 2008년 제1기분 부가가치세 예정신고 시 1천738만2천17원을 재고매입세액으로 신고하고, 2008년 7월23일 2008년 제1기분 부가가치세 확정신고 시 재고매입세액 1천738만2천17원을 포함한 2천345만4천128원의 부가가치세 환급을 신청했다.
관할세무서는 2008년 9월29일 김 씨에 대해 부가가치세법 시행령 제63조의3 제1항에 따른 일반과세 전환 당시 재고품 등에 대한 신고기한인 2008년 1월25일까지 `일반과세전환 시의 재고품 및 감가상각자산신고서`에 의한 신고를 하지 않았다는 이유로 1천738만2천17원을 매입세액으로 인정하지 아니하고 매출세액에서 44만9천685원을 감액하여 매출세액과 매입세액의 차액인 652만1천796원으로 환급세액율 경정결정하고, 김 씨가 위와 같이 환급세액을 초과해 신고했다는 이유로 신고불성실가산세 173만8천201원을 부과한 후, 이를 차감해 김 씨에게 478만3천590원을 환급했다.
이에 김 씨는 재고매입세액 공제제도는 사업자가 간이과세자 지위에서 부담한 매입부가가치세액 중 공제받지 못한 부분을 일반과세자 전환 시 공제받도록 하는 절차이므로 일반과세자로의 전환 시 신고서를 지연 제출하거나 신고누락 한 경우라할지라도 전환 당시 간이과세자로서 보유하던 재고품 및 감가상각자산에 대하여는 당연히 재고매입세액이 공제되어야 한다고 주장하며 조세심판원에 심판청구를 했으나 기각되자 소송을 제기했다.
대법원은 간이과세자에서 일반과세자로 변경되는 사업자가 시행령 제63조의3 제1항이 규정하는 기한 내에 일반과세 전환 시의 재고품 및 감가상각자산을 신고하지 아니했다고 하여 재고매입세액의 공제가 배제된다고 할 수는 없고, 그 사업자가 시행령 제63조의3 제1항에서 규정하는 기한 경과 후에 일반과세 전환 시의 재고품 및 감가상각자산을 신고하는 경우에도 일반과세 전환 시의 재고품 및 감가상각자산에 대해서는 시행령 제63조의 제3항에 따라 계산한 재고매입세액을 그 신고한 날이 속하는 예정신고기간 또는 과세기간의 매출세액에서 공제할 수 있다고 봄이 상당하다는 이유로 당초의 처분을 취소하는 결정을 했다.
