차병선 씨는 지난 2005년 11월20일 경상북도 청도군 화양읍 소재 임야 1만5천236㎡를 이종우 씨로부터 대물변제조로 6억원에 취득하고 2008년 11월20일 서도건 씨에게 5억7천만원에 양도해 양도차익이 발생하지 아니했다는 이유로 양도소득세가 없다는 내용으로 2008년 귀속 양도소득세 과세표준 예정신고를 했다. 관할세무서는 위 토지의 취득에 소요 된 실제 거래가액을 확인 할 수 없다는 이유로 그 취득가액을 구 소득세법 제97조제1항제1호 나목, 동법 시행령 제176조의2제2항의 규정에 따른 환산가액인 5억2천882만7천99원으로 인정해 차 씨에게 2008년 귀속 양도소득세를 2천884만5천130원을 부과처분했다. 차 씨가 신고한 취득가액은 부동산 양도자 이종우 씨에게 빌려준 대여금으로서 실거래가액이 분명함에도 이를 취득가액으로 인정하지 않고 환산가액을 적용한 처분은 부당하다고 주장하며 심판청구를 제기했으나 기각되자 행정소송을 제기했다.
대구고등법원은 ① 차 씨는 지난 2005년 11월15일 이종우씨와의 사이에 2001년 7월경 이후 부동산 개발 및 투자에 출자한 돈을 정산하면서 2005년 11월15일을 기준으로 차 씨의 이 씨에 대한 채권액을 `부동산투자(위 부동산에 관한 것 등) 6억원`으로 인정하고, 그 정산방법은 이 씨가 차 씨와의 사이에 위 토지에 관한 매매계약을 체결한 후 위 채권액에 갈음해 그 소유권을 이전하는 것으로 약정하는 내용의 채무정산서를 작성한 사실 ② 이에 따라 이 씨는 그 날 차 씨와의 사이에 위 토지을 대금 6억원에 매도하는 내용의 매매계약서를 작성한 후 차 씨의 위 채권액 6억원에 대한 대물변제조로 2005년 12월20일 토지에 관한 소유권이전등기를 마쳐 준 사실 ③ 이 씨는 관할세무서에 대물변제 약정과 그에 따른 소유권 이전의 경위를 확인해 주고 제1심 법원에 같은 내용의 확인서와 인감증명서를 제출한 사실을 인정할 수 있으므로, 특별한 사정이 없는 한 위 매매계약서 상의 실지거래가액 6억원을 토지의 취득가액으로 보고 양도차익을 산정해야 한다는 이유로 당초처분을 취소하는 결정을 했다.(대구고등법원2012누219·2012년 7월20일) 관할세무서는 대법원에 상고했으나 기각됐다.(대법원2012두18226·2012년 12월13일)
