서정건설㈜는 거래처의 파산으로 인해 회수하지 못한 매출채권 3억원이 회생채권으로 전환되어 이 중 현금수령액을 제외한 나머지 2억원을 주식으로 교부받은 후, 교부받은 주식에 시가를 적용해 산출 된 1억원과 출자전환 된 채권의 장부가액 2억원과의 차액 1억원을 회수할 수 없는 채권으로 해 그에 관련 된 부가가치세 상당액 909만원을 2010년 제2기 확정분 부가가치세 신고 시 대손세액공제를 신청했다.
관할세무서는 회생계획인가 결정에 따라 출자전환 된 매출채권은 출자전환 신주로 회수됐으므로 회수불능으로 확정 된 채권에 해당하지 아니하는 것으로 보아 대손세액공제를 부인해 2012년 1월16일 2010년 제2기분 부가가치세 1천127만원을 부과처분했다.
서정건설㈜는 출자전환 주식을 채권의 장부가액으로 평가할 경우 매출채권을 회수하지 못해 사업상 어려움을 겪는 채권자 법인이 채무자 법인으로부터 실제 거래징수하지도 못한 가공의 부가가치세를 부담하는 한편, 채무자 법인은 매입세액 공제라는 부당이득을 향유하게 되어 심히 부당한 결과가 초래되어 부당하다고 주장하며 심판청구를 제기했다.
조세심판원은 ①「부가가치세법시행령」제63조의2 제1항에서 대손세액공제의 범위와 관련해 대손금으로 인정되는 사유라고 규정하고 있고, 같은 령 제50조 제1항에서 사업자가 특수관계에 있는 자 외의 자와 거래한 가격 또는 제3자 간에 일반적으로 거래 된 가격을 시가로 보도록 규정하고 있으며, 이러한 가격이 없거나 시가가 불분명한 경우에는 「법인세법시행령」제89조 제2항의 규정에 의한 가격으로 평가하도록 규정하고 있을 뿐, 자산의 취득가액에 대해 「부가가치세법」상 별도의 규정을 두고 있지 아니한 점 ②출자전환 주식을 회생채권의 장부가액으로 평가할 경우 주식 처분 시 처분손실 계상이 가능한 반면, 부가가치세는 채권의 장부가액 전부가 주식으로 변제된 것으로 취급되어 추후 매각되더라도 사실상 대손세액공제가 불가능하게 되는 점 ③부가가치세 매출세액은 물론 공사채권 자체마저 회수하지 못한 채권자 법인에게 그 거래징수하지 못한 부가가치세까지 부담하도록 하는 경우 채권자에게만 너무 과도한 부담을 주는 점 등을 감안하면 대손세액공제를 적용하는 것이 합리적이라는 이유로 당초부과처분을 모두 취소했다.(조심 2012서2200·2013년 9월11일)
