한양매트로㈜는 지난 2003년 4월10일 설립해 무료신문을 발행·배포하고 있는 법인으로, 2006~2008사업연도 법인세 신고 시 `조세특례제한법` 제7조의 중소기업에 대한 특별세액감면 3억4천692만6천680원(2006년 6천264만7천804원, 2007년 1억8천274만4천441원, 2008년 1억153만4천435원)을 적용한 후 법인세를 신고·납부했다.
관할세무서장는 한양매트로㈜가 광고수수료 만으로 사업을 영위하고 있다는 이유로 중소기업에 대한 특별세액감면을 배제해 2010년 12월16일 법인세 2006년 4천391만2천500원, 2007년 2억3천669만590원, 2008년 1억2천38만9천370원을 부과처분했다.
한양매트로㈜는 수도권과 전국 주요도시에서 무료신문을 배포하고 있으며, 신문발행과 관련 된 수익은 신문에 게재 된 상품 및 서비스의 판매업체(광고주)로부터 제작이 완료 된 광고물을 수령해 신문에 게재하고 받은 광고료 수익이 대부분으로, 광고수입은 제조업인 신문발행업에서 발생한 수익으로 중소기업 특별세액 감면대상인데도 이를 배제한 처분은 부당하고 주장하며 2011년 3월2일 심판청구를 제기했다.
조세심판원은 ①신문발행에 있어 광고게재는 기사 내용과 함께 지면구성에 필수적인 것으로 양자는 불가분의 관계에 있다 할 것이므로 한양매트로㈜의 매출원천이 광고수입이라 해 광고업으로 보기는 어려운 점 ②한양매트로㈜의 업종은 제8차 한국표준산업분류(2007년 12월28일 개정 전)에는 제조업/출판업에 해당되어 2007사업연도까지는 `조세특례제한법 시행령` 제6조 제5항 제1호에서 규정에 중소기업특별세액 감면대상에 해당되는 것으로 판단되는 점 ③2008사업연도의 경우에는 상시 사용하는 종업원의 수가 10명 미만에 해당하지 않아 `조세특례제한법` 제7조에 의한 중소기업특별세액 감면을 적용받을 수 없으나, `한국표준산업분류가 변경되어 이 법에 따른 조세특례를 적용받지 못하게 되는 업종은 한국표준산업분류가 변경 된 과세연도와 그 다음 과세연도까지는 변경 전의 한국표준산업분류에 따른 업종에 따라 조세특례를 적용한다`고 규정하고 있어, 2008사업연도의 경우에도 `조세특례제한법` 제7조에 의한 중소기업특별세액 감면대상에 해당된다는 이유로 당초부과된 법인세를 모두 취소했다.
