김상용씨는 지난 1983년 10월10일 경기도 화성시 소재 답 387㎡를 증여로 취득해 2012년 1월17일 양도하고 양도소득세 신고 시 조세특례제한법 제69조에 규정한 자경농지로 양도소득세 3천393만9천23원을 감면하는 것으로 신고했다.
관할세무서는 지방국세청이 종합감사를 실시해 위 토지의 양도 당시 현황을 확인하라는 통보를 받아, 항공사진 등으로 확인한 바 양도 당시 농지로 볼 수 없다고 보아 자경농지에 대한 양도소득세 감면과 장기보유특별공제를 배제해 2012년 12월3일 김씨에게 양도소득세 5천930만5천540원을 부과처분했다.
김씨는 경기도 화성시에서 태어나 현재까지 위 토지는 물론 소유하고 있는 다른 토지에 밭 작물 등을 직접 경작하고 있는 농민으로서 농사일에 만 전념했고 위 토지에서는 들깨, 콩, 호박 등을 경작해 왔으며, 최근 수년간 장마철 폭우 시 토사유입은 물론 침수피해를 입어 경작에 어려움이 있었으나 그래도 해마다 피해복구를 하면서 계속해서 밭 농사를 경작했음이 농지원부, 조합원증명서, 경작사실확인서, 침수피해사실확인서, 2008년부터 양도일까지 농협 농자재거래내역서, 피해현장 사진 등에서 확인되고 있으므로 자경감면을 부인하고 양도소득세를 과세한 처분은 부당하다고 주장하며 심사청구를 제기했다.
국세청은 ①김씨가 위 토지 소재지에서 태어나 1983년 증여로 취득해 29년이상 보유한 점 ②임대소득 이외 다른 소득이 없는 농업을 주업으로 하는 전형적인 자경농민으로 위 토지는 물론 김씨 소유의 다른 토지에서도 밭 작물을 직접 경작하고 있는 점 ③위 토지의 공부 상 지목이 전(田)이고 농지원부 상 위 토지에서 채소를 재배하고 있는 것으로 기재되어 있는 점 ④인근 주민의 경작사실 확인서, 농협의 조합원 증명서, 거래자매출내역 등에 의해서도 김씨가 직접 경작한 토지로 양도 당시 농지로 보이는 점 ⑤위 토지가 관할세무서에서 촬영한 현장사진 만으로는 비록 농작물을 찾아볼 수 없으나 사진촬영일이 농사철이 아닌 3월이고 주변에 김씨 소유의 다수 농지가 함께 있으며 항공사진, 김씨가 촬영한 현장확인 사진, 침수피해사실확인서 등을 종합해 보면 최근 수년간 장마철 폭우 시 토사유입으로 지속적인 경작은 이뤄지지 않았으나 피해복구를 하면서 계속해서 콩, 들깨 등 밭 작물을 경작했다고 보여지므로, 김씨가 위 토지를 양도할 당시까지 자경한 것으로 판단된다는 이유로 당초처분을 모두 취소하는 결정을 했다. (심사양도 2013-48·2013년 5월21일)
