서울특별시 강동구에 거주하는 민지숙씨는 1994년 12월29일 `부동산소유권 이전에 관한 특별조치법`(1992년 11월30일 법률 제4502호)에 따라 충북 청원군 소재 답 1천669㎡에 관해 1950년 9월1일 증여를 원인으로 한 소유권 이전 등기절차를 마친 후, 2007년 11월5일 위 농지를 양도하고 양도소득세를 신고하면서, 취득시기를 시아버지의 사망일인 1960년 11월28일로 보고 8년 이상 자경했다고 하면서 양도소득세 감면신청했다.
강동세무서는 위 농지의 취득시기를 등기부 상 소유권 이전 등기접수일인 1994년 12월29일로 보고, 또한 민씨가 위 농지에 대한 소유권을 취득한 이래 직접 경작한 사실이 없다는 이유로 비사업용토지로 봐 양도소득세율 60%를 적용해 2009년 5월14일 2007년 귀속 양도소득세 1억2천478만6천890원을 부과처분했다.
민씨는 조세심판원에 심판청구를 제기했으나 기각(조심2009서2911·2009년 10월21일)되자 행정소송을 제기했다.
서울행정법원은 ①부동산에 관한 등기부 상 소유권 이전 등기가 경료되어 있는 이상 일응 그 절차 및 원인이 정당한 것이라는 추정을 받게 되고 (대법원 2008년 3월27일 선고 2007다91756 판결 참조), 달리 등기절차나 원인이 적법하게 진행되지 아니한 것으로 볼만한 의심스러운 사정에 대한 반증이 없으므로, 민씨가 위 농지를 1950년 9월1일 증여를 원인으로 취득한 것으로 봄이 상당한 점 ②2006년 12월31일 이전에 위 농지를 20년 이상 소유한 사실은 역수상 명백하고 2009년 12월31일 이전에 양도한 것은 분면한 점 ③민씨가 농지를 증여받은 1950년 9월1일 전후 무렵부터 1975년 8월20일까지 농지의 부근에 거주하며 농지를 직접 경작한 사실이 객관적인 증거에 의해 인정되는 점 등을 종합하면 위 농지는 비사업용 토지에 해당하지 않음은 물론, 8년이상 자경한 농지로서 양도소득세가 전액 감면되는 대상이므로 관할세무서의 처분은 어느 모로 보나 위법하다는 이유로 모두 취소하는 결정을 했다.(서울행정법원2010구단569·2010년 8월12일/서울고등법원2010누28108·2011년 4월5일/법원2011두8994·2012년 3월29일)
