GS스토어㈜ 서울지점은 2010년 12월31일 ㈜FM스토어 서울지점으로부터 의류사업과 관련된 자산 등을 양수하고 부가가치세법 상 사업의 포괄적 양도·양수가 아닌 재화의 공급으로 봐 2010년 12월31일 매입세금계산서를 교부받아 2010년 제2기 부가가치세 신고 시 수취 한 매입세금계산서를 근거로 부가가치세 5억3천100만원의 환급을 신청했다. 관할세무서는 위 거래를 사업의 포괄적 양도·양수에 해당하는 것으로 봐 2011년 6월13일 매입세액 불공제하고 초과환급신고불성실가산세 5천497만1천739원을 부과처분했다.
GS스토어㈜ 서울지점은 위 거래에 대한 부가가치세 과세처리를 명확히 하기 위해 국세청 부가가치세과에 질의한 결과, 양도하는 사업에 관련된 일부 자산과 모든 부채(차입금·외상매입금 등) 및 종업원 중 일부를 승계시키지 아니한 경우이므로 부가가치세법 제6조제6항제2호에 따른 포괄적 사업양수도에 해당하지 않는다는 회신을 받은 후, 이에 따라 ㈜FM스토어 서울지점을 양수함에 있어 외상매입금 3억원, 매출채권 900만원, 미지급 상여금 3천만원을 승계하지 아니했기 때문에 포괄적 사업양수도가 아닌 재화의 공급으로 판단하고 국세청의 유권해석 질의 등 각종 노력을 다했고 보수적 입장에서 부과가치세 과세거래로 볼 수 밖에 없었으므로 의무해태나 불이행이 있다고 볼 수 없다고 주장하며 2011년 9월19일 국세청에 심사청구를 제기했다.
국세청은 ①GS스토아㈜ 서울지점이 국세청 질의 회신 및 관련 법령·예규 등의 신중한 검토를 거쳐 쟁점거래가 사업양수도가 아닌 재화의 공급에 해당한다고 판단한 점 ②관할세무서도 과세사실판단 자문신청, 재조사 등을 거쳐 사업양도라고 봤을 만큼 사업양도 해당여부가 불분명했다는 점 등을 종합해 고려하면 위 거래를 재화의 공급에 해당한다고 본 것에 대해 귀책사유를 인정하는 것은 부당하다 할 것이므로 납세의무 불이행에 대해 정당한 사유를 인정할 수 있다는 이유로 당초처분을 모두 취소하는 결정을 했다.(심사부가2011-0167·2012년 1월26일)
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