대하해운㈜는 1989년 9월12일 여객선터미널을 준공해 1989년 10월5일 이를 부산지방항만청장에게 기부채납 한 뒤, 20년 간 당해 여객선터미널에 대한 관리운영권을 취득하고 이를 이용해 2008년 제1기부터 2009년 제1기까지 제공한 해상운송용역을 과세대상으로 봐 거래상대방에게 세금계산서를 교부하고 부가가치세를 신고·납부한 후 2009년 5월27일 폐업했다가 위 해상운송용역이 `조세특례제한법`에 의해 부가가치세가 면제된다는 사실을 알고 2011년 5월25일 2008년 제1기 내지 2009년 제1기 부가가치세 2천947만1천620원을 환급해야 한다는 취지로 관할세무서에 경정청구를 했다.
관할세무서는 2011년 7월27일 대하해운㈜가 위 용역에 대한 수정세금계산서를 발급한 뒤에 소급해 계산서를 교부해야 함에도 불구 이러한 절차를 이행하지 않고 경정청구를 했으므로 해당 부가가치세를 환급 할 수 없다는 취지로 경정청구 거부처분을 했다.
대하해운㈜는 2011년 8월22일 위 용역이 `조세특례제한법`에 따라 부가가치세가 면제됨에도 경정청구를 하기 전에 수정세금계산서 및 계산서를 교부하지 아니했다는 형식적인 이유만으로 경정청구를 거부한 처분은 부당하며, 당초 착오로 인해 신고·납부한 부가가치세를 환급해야 한다고 주장하며 심판청구를 제기했다.
조세심판원은 ①위 용역이 부가가치세 면제대상인 것은 당사자 간에 다투지 아니하는 점 ②대하해운이 2009년 5월27일 폐업한 이후에 비로소 위 용역이 부가가치세 면제대상인 사실을 알았으나, 그 때는 이미 사업자가 아니어서 `부가가치세법`상 수정세금계산서를 교부할 수 없는 점 ③거래상대방이 대하해운에게 부가가치세의 반환을 청구하는 것은 이 건 경정청구와는 별개의 사안인 점 등을 감안할 때, 경정청구를 제기하기 전에 청구대상이 되는 과세기간에 제공한 용역에 대해 수정세금계산서를 교부하지 아니했다는 절차적인 이유만 가지고 이미 신고·납부한 부가가치세의 환급을 구하는 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있다고 봐 부가가치세 2천947만1천620원을 환급하는 결정을 했다.(조심 2011부3067·2011년 12월8일)
태동세무회계사무소 대표세무사 성종헌 054-241~2200
