한군남씨는 1987년 3월28일 경기도 소재 임야 7만6천760㎡를 취득해 보유하다가 2006년 5월9일 ㈜세화리조트에게 23억원에 협의매도하고 소유권이전등기를 경료한 후, 2006년 7월30일 실지거래가액을 기준으로 해 양도소득세 4억9천만원을 신고·납부했다가, 2009년 12월30일 기준시가로 양도소득세를 계산해 2억5천만원을 환급청구했다.

관할세무서는 2010년 1월13일 `양도가액 및 취득가액을 실지거래가액으로 신고했기 때문에 기준시가로 결정할 수 없다`란 이유로 위 경정청구를 거부했다.

한씨는 지정지역 내 토지를 공익사업용으로 양도한 자에게 세제혜택을 줄 목적으로 양도차익을 기준시가로 하도록 한 것이고, 단서에 `실지거래가액으로 신고한 경우에는 그러하지 아니하다`고 규정한 이유는 양도차손이 발생한 납세자까지 일률적으로 기준시가로 과세할 경우 양도차손이 발생한 납세자는 오히려 불리하게 되므로 이를 구제하기 위한 것이며, 실지거래가액으로 신고한 모든 납세자를 기준시가 과세대상에서 제외시키는 것이 아닌데도 불구, 관할세무서가 위 단서규정을 사유로 환급거부 처분을 한 것은 부당하다고 주장하며 감사원장에게 심사청구했다.

감사원은 ①한씨가 지정지역 내 부동산을 그 부동산이 속한 사업지역에 대한 예정지구 등의 지정일 전에 취득해 2006년 12월31일 전에 공익사업시행자에게 양도한 점 ②양도차익을 기준시가에 의할 수 있음을 알지 못한 채 실지거래가액으로 양도차익을 산정해 신고했다가 추후에 이를 알고 적법한 기간 내에 경정청구를 했다면, 단지 실지거래가액으로 신고했다는 것을 이유로 해 기준시가에 의해 양도차익을 산정할 수 없다고 할 수는 없는 점 ③투기지역 내에 소재하는 부동산을 취득한 후 공익사업용으로 양도하고 실지거래가액으로 양도차익을 산정해 양도소득세를 예정신고 했더라도 부동산의 양도차익을 기준시가에 의해 산정할 수 있는 경우에는 양도소득세를 기준시가로 경정청구할 수 있는 점 등을 감안하면 실지거래가액으로 신고하는 모든 경우에 양도 및 취득가액을 기준시가로 해 경정청구를 할 수 없다는 취지가 아니고 실지거래가액이 기준시가로 산정한 가액보다 적을 경우에는 기준시가에 의한 양도차익의 산정으로 말미암아 불이익을 받지 아니하도록 하는 취지로 봐야 할 것이므로 경정청구를 거부한 관할세무서의 처분은 잘못이 있다고 판단해 한씨에게 양도소득세 2억5천만원을 환급토록 결정했다.(감심 2011-5·2011년 1월13일)

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